1.表面覆蓋污染：膜表面覆蓋污染分為兩層結構，上層為較大顆粒的松散層，緊貼膜面的是較小粒徑的細膩層。一般情況下松散層在水流剪切力的作用下可以沖洗掉（正洗），不會對膜的性能產生大的影響。膜表面上的細膩層則對膜性能正常發揮產生較大的影響。細膩層使大量的膜孔會被覆蓋，而且該層內的微粒及其他的雜質之間長時間的相互作用極易凝膠成濾餅，增加了透水阻力。一般通過反洗能夠去除細膩層，污染嚴重的要通過化學清洗來去除細膩層恢復產水量。

2.膜孔堵塞：膜孔堵塞是指微細粒子塞入膜孔內，或者膜孔內壁因吸附有機物等雜質形成沉淀而使膜孔變小或者完全堵塞，這種污染一般是不可逆過程。